Таким образом, межотраслевая комплексная программа представляет собой качественно новую систему разноотраслевых компонентов, ориентированных на конечную народнохозяйственную цель. В соответствии с этим принципы формирования таких программ должны отличаться от принципов разработки внутриотраслевых программ. При этом комплексные межотраслевые программы обладают свойством выравнивать производственно-технический потенциал сопряженных, но неравномерно развивающихся народнохозяйственных отраслей.
Повышение интенсификации лесохозяйственного производства, например, в Европейско-Уральской зоне является межотраслевой проблемой всего лесного комплекса, так как создает предпосылки для последующего увеличения лесопользования. Эта проблема не может быть удовлетворительно решена лишь на отраслевом уровне, а потребует участия других заинтересованных сторон и координации их усилий в соответствии с принципами интеграции. Проблема интенсификации лесохозяйственного производства в названном регионе требует для ее решения разработки региональной комплексной программы, реализация которой будет осуществляться через систему известных мероприятий.
Степень децентрализации, структурные особенности программы, организационные формы и экономические рычаги осуществления ее мероприятий хотя и определяются характером конечной цели программы, но зависят как от конкретных условий отдельных районов региона, так и от выделяемых ресурсов. В данном случае межотраслевая комплексная программа выступит в качестве инструмента программно-целевого управления.